胶原蛋白肽不适合对蛋白过敏人群、肾功能严重不全者、痛风急性发作期患者、婴幼儿以及孕晚期女性食用。
对蛋白质类物质过敏的人，食用胶原蛋白肽后很容易诱发过敏反应，轻则出现皮肤红疹、瘙痒，重则可能引发呼吸急促、过敏性休克，一定要严格避开。肾功能严重不全的患者，本身肾脏代谢能力就弱，胶原蛋白肽属于高蛋白补充剂，食用后会加重肾脏负担，不利于病情控制。痛风处于急性发作期的患者，不少市售胶原蛋白肽产品嘌呤含量偏高，食用后会升高体内尿酸水平，加重关节红肿疼痛的症状。婴幼儿自身合成胶原蛋白的能力充足，消化功能还未发育完善，额外补充只会增加身体代谢负担；孕晚期女性身体代谢特殊，盲目补充也可能带来额外负担，因此也不适合食用。
除了上述不适合食用的人群需要避开之外，吃胶原蛋白肽还有其他需要注意的禁忌：健康人群补充不要过量，建议每日摄入量控制在5-10g以内，长期过量补充也会加重肝肾代谢负担；不要和大量同类高蛋白补充剂叠加食用，避免蛋白质摄入超标；如果本身对食品添加剂敏感，要避开添加了大量香精、防腐剂的复合胶原蛋白肽产品，尽量选择纯度高的纯肽产品。
补充胶原蛋白肽要结合自身身体情况判断，不要盲目跟风补充，不确定自己是否适合的话，最好提前咨询专业医生，避免给身体带来不必要的影响。